Efter sin fars død besluttede J. C. Jacobsen at overtage faderens lejede bryggeri og starte sit eget på toppen af Valby bakke. Det blev opkaldt efter hans eneste søn Carl og 'bjerget', hvorpå det lå.
Ved J.C. Jacobsens død i 1887 solgte Carlsberg tusindvis af tønder pilsner om året og var begyndt at eksportere – kimen til verdens fjerdestørste bryggeri var lagt.
Store donationer til Danmark
J.C. Jacobsen holdt meget af sit fædreland Danmark og donerede en stor del af de penge han tjente på øllet til det danske folk via Carlsbergfondet og andre donationer blandt andet til færdiggørelsen af restaureringen af Frederiksberg Slot. Han var en engageret samfundsborger og var medlem af Folketinget og Københavns byråd.
Passion for viden
J.C. var drevet af en stor passion for viden – han drog på flere store dannelsesrejser for at lære det nyeste nye om ølbrygning og havde tætte forbindelser til nogle af hans tids største samfundsdebattører og videnskabmænd bl.a. Louis Pasteur, og den første Carlsberg øl blev pasteuriseret i 1874. Han oprettede Carlsberg Laboratorium i 1875 og udviklede her den 'rene' gær, der danner grundlag for al den pilsnerøl, der brygges i dag.
Carlsberg Laboratorium i 1890erne, i midten er det professer Johan Kjeldahl